快速制作精美3D分子结构图(视频教程)
本文主要讲解如何利用免费的可视化工具cylview来画出精美的结构图。并附上视频演示。 本文用到所有脚本均可在 https://github.com/Alexander-Qi/gauss-scirpts/releases/tag/0.1 获取到。感谢sobereva社长提供的GauIRC2xyz ...
一些好用的在线数据库及在线工具
本文介绍计算化学相关的一些实用的数据库和在线工具。本文仅挑选一些内容较佳,访问体验较好的在线数据库和工具;若需要了解更多,可以参考《计算化学相关的免费的在线数据库及工具》。本文会不断更新。 Basis Set Exchange 包含:基组、赝势 简介:可以说是目前最重要、最全面的基组+赝势数据库,包 ...
量子化学软件Psi4的教学视频
本文总结一些量子化学软件Psi4的官方教学视频。 安装 本视频演示如何获得并从二进制文件安装量子化学软件Psi4。 运行方式 本视频介绍量子化学软件Psi4的运行方法。 输入文件格式 本视频介绍量子化学软件Psi4的输入文件写法。 输出文件结构 本视频介绍量子化学软件Psi4的输 ...
寻找过渡态的一些经验
要是有一套成熟的自动化程序能帮我找到我想要的过渡态就好了。可惜我还没有找到过,只能自己不断地摸索。下面是我在寻找过渡态的过程中的一些经验。 按照下面的步骤寻找过渡态,虽然可能比较耗费核时,但是经个人尝试,可以找到不少难找的过渡态。 在实际的计算中,建议读者根据自己的体系和计算资源,谨慎选择地计算级别 ...
量子化学软件ORCA视频教学
本文总结一些本人搬运好的ORCA教学视频。这一系列的教程是基于Windows平台的。 安装ORCA 主要总结了在Windows平台下的ORCA安装方法,并介绍了Avogadro与ORCA联用的方法。不过视频内容已经有一点过时,同时不适用于最常用的Linux平台;若需了解,可以读一读《如何安装量子化 ...
Gaussian、ORCA使用笔记
本文主要记录一些本人在学习、使用Gaussian、ORCA等量子化学软件以及各类辅助软件和脚本的过程中积累的一些经验,会不断更新。 用Gaussian寻找过渡态 过渡态,也即transition-state,可简写为TS。根据我个人的体验,过渡态的寻找算得上是很难的,所以也很值得一写。 关键词的 ...
如何安装量子化学软件ORCA
本文的主要内容有: ORCA简介 安装ORCA依赖关系 安装ORCA 检查ORCA是否安装成功 如何优雅快捷地使用ORCA ORCA 是什么 ORCA是一款对学术用户免费但不开源的量子化学程序;它主要由Frank Neese设计开发,是包含了从头计算、DFT、半经验方法和耦合簇的量子化学程序包 ...
【中文翻译】量子化学软件ORCA快速入门指南
本文原文是2018年3月Frank Neese和Christoph Riplinger等人编著的Jump-Start Guide,适用的ORCA版本为4.1,不过其中的大部分内容应该对4.0以后的版本是通用的。大家可以放心使用。 限于译者的业务水平限制,本书中不可避免地存在翻译不当的地方。英文原文的 ...