本文介绍计算化学相关的一些实用的数据库和在线工具。本文仅挑选一些内容较佳,访问体验较好的在线数据库和工具;若需要了解更多,可以参考《计算化学相关的免费的在线数据库及工具》。本文会不断更新。
Basis Set Exchange 包含:基组、赝势 简介:可以说是目前最重要、最全面的基组+赝势数据库,包含绝大多数(特别是常用的)目前已经发表的基组和赝势。
TURBOMOLE basis set library II 包含:基组、赝势 简介:包括def、def2系列基组。除了普通基组,还可以获得/J、/JK、/C密度拟合基组。
Energy-consistent Pseudopotentials of the Stuttgart/Cologne Group 包含:基组、赝势 简介:Stuttgart赝势+赝势基组数据库,虽然BSE上也有Stuttgart赝势和配套基组的定义,Gaussian等程序也自带了,但都比较老,只有这里的才是最新、最全的。
ChemSpider 包含:分子平面结构、实验测定的和由ACD/Labs、EPISuite、ChemAxon软件预测的理化性质(LogP、LogD(PH=5.5和7.4时)、水溶性、分子体积、密度、沸点、闪点、蒸汽压、气化焓、折光率、可极化率、表面张力、SASA等),以及毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图 简介:众多的在线分子数据库的信息整合,便于用户搜索,数据来自200种数据库。
Spectral Database for Organic Compounds, SDBS 包含:有机化合物光谱(EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman) 简介:含3万余个化合物,其中以商业化学试剂为主,约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的,并不断添加。
NIST Chemistry WebBook 包含:分子量、CAS登记号、热力学数据、红外、紫外、气象色谱、质谱 简介:美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。
NIST Chemical Kinetics Database 包含:化学动力学数据、指前因子、活化能等 简介:包含38000个基元反应的的化学动力学数据。
Computational Chemistry Comparison and Benchmark DataBase 包含:方法、泛函、基组、比较、测评 简介:包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果,也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣。其中的频率计算校正因子尤其有用。
Crystallography Open Database 包含:无机、有机晶体结构 简介:免费的晶体学数据库,可以直接得到cif文件。
American Mineralogist Crystal Structure Database 包含:无机晶体结构 简介:可以获得大量无机晶体的晶体学信息和结构文件。
Virtual Computational Chemistry Laboratory 简介:在线版的Babel,可以支持几十种结构文件格式的转换。
WebMO Demo Server 简介:提供了友好的GUI界面,在线绘制或导入结构并调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、QChem、Tinker程序进行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户登入,但运算时间限制在60秒以内,可以用来学习使用这些量化程序。
Xemistry Sketcher & Internet Structure Data Retrieval Tool Demonstration 简介:非常好的在线绘制平面分子结构的工具,它的一大好处是不需要安装java运行环境或其它插件,也不必等待缓慢的载入过程,打开网页直接就可以用。绘制结构方便,界面简洁,还可以进入模版页面直接调用基团。在绘制过程中可以实时生成SMILE、InChI等字符串,可以自动将当前绘制的结构在化学结构数据库中检索,立刻得到它的比如CAS编号、PubChem CID编号、名称等信息。绘制的结构可以导出为mol、ChemDraw的CDX、Sybyl的sln等格式,还可以导出png/gif等图形、pdf文件、swf文件等。也可以直接输入Smile字符串,或者上传分子结构文件来导入此编辑器。