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如何安装量子化学软件ORCA

发表于 2020-01-07 分类于 ORCA

本文的主要内容有:

  • ORCA简介
  • 安装ORCA依赖关系
  • 安装ORCA
  • 检查ORCA是否安装成功
  • 如何优雅快捷地使用ORCA

ORCA 是什么

ORCA是一款对学术用户免费但不开源的量子化学程序;它主要由Frank Neese设计开发,是包含了从头计算、DFT、半经验方法和耦合簇的量子化学程序包。ORCA可以处理溶剂化和相对论效应,同时特别着重于开壳层分子的光谱计算;可以进行几何优化计算,以及预测大量的不同理论级别的光谱参数。

ORCA支持多个平台,包括Windows、Linux和Mac OS。由于利用Mac OS来进行量化计算的人群较小,本文不涉及Mac上的安装方法。本文发表时,ORCA最新的版本是4.2.1。

大家如果希望了解如何入门ORCA,可以查看ORCA开发者Frank Neese自己写的ORCA快速入门指南,我已经将其翻译成了中文。

准备工作

在安装ORCA之前,我们首先需要安装几个ORCA依赖的软件。

Open MPI (Linux)

在Linux下,ORCA的并行计算能力依赖于特定版本的Open MPI。比如ORCA 4.2.1就依赖于Open MPI 3.1.4(注意,这一般不是最新版本!)。ORCA的安装文件名里一般都会指明自己依赖于什么软件,安装ORCA前请大家先确定好自己希望安装的ORCA版本对应的Open MPI版本号。Open MPI官网往往会提供老版本的下载。本文下载使用的是openmpi-3.1.4.tar.gz。

下载完后,进入文件所在的目录,使用以下命令解压文件:

1
tar -zxvf openmpi-3.1.4.tar.gz

再进入解压出来的文件夹:

1
cd openmpi-3.1.4

再进行配置,指定文件安装的位置(假设是/home/randomuser/openmpi314):(若不指定,则会自动安装在/usr/local)

1
./configure --prefix=/home/randomuser/openmpi314 --disable-builtin-atomics

上面的命令会生成一个Makefile,我们再以此进行编译、安装:(请依次执行下列命令)

1
2
make all
make install

最后,如果你机器的shell是bash,就在.bashrc中加上下面几句:

1
2
export PATH=$PATH:/home/randomuser/openmpi314/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/randomuser/openmpi314/lib64

最后运行mpiexec -V检查是否输出正确的Open MPI版本号,如果正确,则已经安装完成。如果输出的是一个比较老的版本,那么你的机器里很有可能已经安装了一个比较老的版本。如果是你有足够的权限,那么可以将老的版本删除,倘若没有,那么可以像这样修改你的.bashrc:

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2
export PATH=/home/randomuser/openmpi314/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/randomuser/openmpi314/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

Microsoft MPI (Windows)

在Windows下,ORCA的并行计算能力依赖于Microsoft MPI。和前面类似,特定的ORCA版本会要求特定的Microsoft MPI版本,比如ORCA 4.2.1需要Microsoft MPI 10.0以后版本。

Microsoft MPI官网可以下载到安装文件,本文中使用的文件可在此处下载。

Microsoft MPI的安装非常简单,无脑下一步就可以了。

ORCA 安装文件的获取

ORCA官网和ORCA论坛是绑定的。你可以选择进入官网注册新用户,登陆后进入论坛,页面上方有Download按钮,进去就可以下载了。

lcFvyd.png

不过注册账号需要一定的上网技巧,国内的同志们可能会感到一些不方便,同时从官网下载也非常慢。这里我事先下载好了ORCA在三个平台上的版本,并存放到网盘里了,提取码是sulq。大家可以去那里下载。

Zstandard

如果你下载了orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314.tar.zst这种以.zst为拓展名的文件,就必须再下载一个叫zstd的软件来解压。下面我们以Linux系统为例来看看怎么安装并使用这个软件。

首先去往该软件的官方发布页面,下载最新的版本,本文里的例子是zstd-1.4.4.tar.gz。

解压完文件后仍旧使用Makefile来进行安装。安装好后我们使用下列命令来解压我们的ORCA安装包:(如果你没有将zstd的目录加入PATH,也可以直接用完整路径)

1
zstd --decompress orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314.tar.zst

随后解压我们得到的.tar文件:

1
tar -xvf orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314.tar

这样,我们就做好了安装ORCA前的所有准备工作。

安装 ORCA 并检查

Windows用户建议直接下载并安装.exe的安装文件,下载会比较快。直接双击安装即可。

Linux用户将下载好的文件解压完成后就已经安装完成。

下面来检查是否安装成功,将下面的内容复制到一个文本文档里并将其重命名为test.inp:

1
2
3
4
5
! BLYP D3 def2-TZVP def2/J noautostart miniprint nopop
* xyz 0 1
C 0.0 0.0 0.0
O 0.0 0.0 1.13
*

在Windows中假设解压完后的目录是D:\ORCA421,那么运行ORCA的方法是在命令行(Windows Powershell也一样)中,先进入test.inp所在的目录,再运行以下命令:

1
D:\ORCA421\orca test.inp > test.out

在Linux中,如果解压完的目录是/home/randomuser/ORCA421,就在test.inp所在的目录运行以下命令:

1
/home/randomuser/ORCA421/orca test.inp >& test.out &

检查输出的test.out内容看起来是否正常,最后是否有****ORCA TERMINATED NORMALLY****这一段,如果这两点都满足,那么ORCA就安装完成了。

当然,每次都输入绝对路径是非常累的,在这里也提供一些省力的方法。

在Windows下,你可以写一个runorca.bat文件,文件内容如下:(假设你将自己的ORCA输入文件放在E:\ORCAfile下)

1
D:\ORCA421\orca "E:\ORCAfile\test.inp" > "E:\ORCAfile\test.out"

这样只要每次改一改文件名就可以了。或者你也可以使用cmder等第三方命令行工具。

利用cmder可以令ORCA在Windows下的使用明显更方便,cmder是一个第三方的文本终端。首先去https://cmder.net下载Full版的cmder,然后解压到你平时安装应用程序的目录。之后进入操作系统的命令行窗口,在cmder的目录下,输入Cmder.exe /REGISTER ALL。从此在任意目录下点右键选cmder Here即可进入cmder命令行窗口,并且当前路径就是此文件夹。启动cmder窗口后,在cmder的标题位置点右键选Settings,在General页面里选择{bash::bash as Admin},然后把cmder关了。从此之后,新开的cmder终端里的命令写法就和Linux的Bash环境下一样了,连awk、vi等常用工具都有。用文本编辑器打开cmder安装目录下的config\user_profile.sh,添加一行比如alias oo='D:/study/orca420/orca',这里oo是你启动ORCA想用的自定义命令,后面是ORCA可执行文件路径。这样,进入cmder后就可以使用比如oo Roselia.inp |tee RAS.out来调用ORCA运行.inp文件,输出的信息不仅显示在屏幕上还同时输出到RAS.out里,比起在Windows的cmd或者powershell里运行ORCA方便省事得多。

Sobereva@北京科音量子化学程序ORCA的安装方法

在Linux下,只需要再次修改你的.bashrc即可:

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alias orca=/home/randomuser/ORCA421/orca

如果你是在公共服务器上使用ORCA,那么nohup命令将会很有用,它能让ORCA在你登出后继续进行计算。像上面那样更改过你的.bashrc后,就可以这样输入命令:

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nohup orca test.inp >& test.out &
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