快速制作精美3D分子结构图（视频教程）

本文主要讲解如何利用免费的可视化工具cylview来画出精美的结构图。并附上视频演示。

本文用到所有脚本均可在 https://github.com/Alexander-Qi/gauss-scirpts/releases/tag/0.1 获取到。感谢sobereva社长提供的GauIRC2xyz工具。

准备

首先需要安装openbabel，ffmpeg与cylview。这些软件都是免费的，大家很容易就能在它们各自的官网上找到它们。

需要注意的是，openbabel需要下载老版本2.4.1，不然后面无法完美地与cylview连用。

安装完cylview后，第一次打开时，需要点击右下角的检查更新按钮，来确保自己的版本是最新的。

三个软件都安装好后，请记住它们的安装目录，后面要用。

静态分子图

让我们先来看看怎么绘制静态的结构图。打开cylview后，首先点击open，来载入包含分子结构信息的文件。加载好就可以看到分子骨架了，但显示的还只是未渲染的状态。

在预览框中，鼠标拖动可以改变视角，点击preview可以预览渲染后的效果，在style栏中可以调整渲染风格。

cylview还支持对特定原子对焦。先勾选show focus scale on screen，再点击set focus point，最后点击要对焦的原子。绿色圈代表焦点，红圈大小代表了失焦程度；可以在intensity一栏选择虚化强度。

要标出键长、键角、二面角也非常简单，只需要在预览框下面的功能区中选择对应的功能，随后点击相对应的原子就可以了。

要移动标签，只需要点击界面右上方的labels栏，选中对应的标签，随后就可以用方向键控制标签位置，还可以再custom一栏设置是否要画出表示角度的弧线等选项。

调整到理想状态后，点击generate就可以得到图片了，得到的图片会被保存在同一文件夹下，可以直接用其他应用查看。

视角移动

下面讨论怎么制作视角移动的动画。

打开文件后，首先进入poses，调整到你想要的初始视角后，点击add添加视角，再调整到最终视角，再次add；随后进入anim菜单，先选择分辨率，设置start pose为你刚刚第一个建立的视角，在animation type中选择custom，设置end pose为你第二个建立的视角，随后点击上面的add来新建动画。

选中新建的动画，随后点击render animation。由于cylview自己的渲染方式有一点点bug，这里我们保留pov文件，用我写的脚本来渲染。

得到的pov文件全在同文件夹下新生成的一个文件夹中。如果你安装了python，那就将makeircvideo.py脚本文件与mkirc.bat复制到这个目录下，然后编辑python脚本，将其中的两个路径修改为你自己的环境里的路径。

mkirc.bat没有放到发布页面，它的内容是这样的：

rem 使用方法：python makeircvideo.py 参数1（可选） 参数2（可选）
rem 参数1：  无--生成mp4   1--生成mp4  2--生成gif
rem 参数2：  无--不省略渲染  1--跳过渲染步骤
python makeircvideo.py

要注意的是，如果路径里有空格，需要首先打两个双引号，随后将每个反斜杠换成两个反斜杠。

修改完成后，保存python脚本；再打开bat脚本，根据你的需求修改参数，随后运行。

运行结束后，我们可以看到文件夹下多出了很多png图片以及一个和你的结构文件同名的mp4文件，这就是我们需要的动画了，可以直接用其他软件打开，也可以嵌入到ppt里什么的。

单视角旋转

如果只是想看以一个视角出发的旋转动画，该怎么办呢？

其实比刚才的更简单，只需要像刚才一样，进入poses，添加一个视角就够了；然后还是一样进入animation，设置完start pose后，在animation type里选择rotate，设置完旋转角度，再生成pov文件。

下面介绍无需python环境的简单渲染方法：将standalone.exe放到同一目录下，然后去把povray.exe和ffmpeg.exe也都复制过来。

随后点击standalone.exe，并选择功能；后面的运行过程和前文中的都一样了。

IRC

最后讲一下怎么做IRC动画。

首先我们使用sobereva社长的工具，把高斯IRC任务输出文件转化成xyz文件，转换好后，载入得到的xyz文件，根据你自己的需求调节标签等内容。

最后在scan目录里选择make movie即可。

得到pov文件后再用前面的两种脚本中任意一个渲染，就方便地得到IRC动画了。